Peter Vandertop geeft leiding aan twee afdelingen Neurochirurgie: namelijk bij het AMC en het VU medisch centrum (VUmc). Met die twee afdelingen wordt gewerkt aan de oprichting van één neurochirurgisch centrum: het Neurochirurgisch Centrum Amsterdam. Deze samensmelting moet leiden tot een omvangrijkere patiëntenzorg en kwalitatief hoogstaand wetenschappelijk onderzoek.Zelf staat Vandertop kritisch tegenover medisch handelen. Hij laat bijvoorbeeld geen röntgenfoto’s maken bij de tandarts. Want röntgenstraling is gevaarlijk. Ook is hij in veel gevallen een tegenstander van preventieve geneeskunde, het is namelijk de vraag of je daar mensen beter mee maakt of juist ziek?